Fonda pārvaldi veido Fonda Padome, kas lemj par Fonda līdzekļu izlietošanu, septiņas pastāvīgās Komitejas, kas gatavo nepieciešamo informāciju un lēmumu projektus Padomes darbam, un Sekretariāts, kas nodrošina Padomes darbu. (Fonda organogramma).

Fonda Padome sastāv no pieciem ministriem, pieciem pašvaldību pārstāvjiem, pa vienam no Kurzemes, Latgales, Zemgales, Vidzemes un Rīgas plānošanas reģioniem, pieciem nevalstisko organizāciju pārstāvjiem un Valsts prezidenta pārstāvja. Tā apstiprina Komiteju nolikumus, ieceļ komiteju locekļus, nosaka sekretariāta štatus un ieceļ direktoru, kā arī apstiprina konkursus un to rezultātus.

Fondā ir septiņas pastāvīgas komitejas:

1. Pilsoniskās līdzdalības komiteja;
2. Sociālās integrācijas komiteja;
3. Reģionālas integrācijas komiteja;
4. Izglītības un valodas komiteja;
5. Kultūras komiteja;
6. Repatriācijas un migrācijas komiteja;
7. Pētniecības un sabiedrības saziņas komiteja,

kā arī nepieciešamības gadījumā var tikt izveidotas citas komitejas.

Fonda Sekretariāts nodrošina Fonda Padomes darbu, kā arī visu projektu konkursu izsludināšanu, sabiedrības informēšanu par tiem, projektu iesniegumu pieņemšanu, izvērtēšanu, līgumu slēgšanu ar projektu īstenotājiem, kā arī projektu uzraudzību un kontroli.

Fonda sekretariātā ir šādas nodaļas:

1. Projektu konkursu nodaļa;
2. Finanšu kontroles nodaļa;
3. Struktūrfondu uzraudzības nodaļa;
4. Programmu uzraudzības nodaļa;
5. Atbalsta nodaļa;
6. Finanšu un budžeta vadības nodaļa;
7. Projektu nodaļa;
8. Iekšējā audita nodaļa.